Nos embargos apresentados ao STF, a defesa de Reis alegou que, com a alteração dos atos normativos do Conselho Nacional de Meio Ambiente (Conama) que estabelecem exigências para o licenciamento ambiental de empreendimento de significativo impacto próximo a unidade de conservação, que passou de dez para três quilômetros ao redor do local, a conduta de que o prefeito foi acusado deixou de ser considerada crime. Para os advogados do político, esse fato poderia ser utilizado retroativamente para beneficiar o réu. Além disso, eles alegaram que houve cerceamento de defesa.
Em março de 2021, a 2ª Turma negou o recurso de Washington Reis, mas sua defesa apresentou novos embargos de declaração. O relator do caso, ministro Edson Fachin, argumentou que o fato não deixou de ser crime ambiental e a 2ª Turma já havia analisado essa questão. O magistrado citou o voto do ministro Gilmar Mendes no julgamento dos primeiros embargos de declaração.
Na ocasião, Gilmar afirmou que as alterações das resoluções do Conama não interferiram na definição do crime pelo qual Reis foi condenado, que consiste em causar danos diretos ou indiretos a reserva ambiental (artigo 40 da Lei de 9.605/1998), independentemente da necessidade de licenciamento.
O decano do Supremo também sustentou naquele julgamento que, ainda que o novo limite de três quilômetros fosse levado em consideração, o delito persistiria. Afinal, laudos periciais indicaram que os danos foram causados a 300 metros da área protegida, dentro da zona de amortecimento da Rebio Tinguá.
Fachin ainda considerou que não houve cerceamento de defesa devido à ausência de sustentação oral do advogado de Reis. Isso porque seus procuradores se manifestaram em todas as fases do processo.
O voto do relator foi seguido pelos ministros Ricardo Lewandowski e Gilmar Mendes. Lewandowski disse que o fato de os danos terem ocorrido fora da área de limite da unidade de conservação não significa que a conduta não configura crime. Já Gilmar reiterou seu entendimento de que o delito se constitui a partir de qualquer ato que cause dano direto ou indireto a áreas de preservação — o que ficou comprovado por perícia.
Ficaram vencidos os ministros Nunes Marques e André Mendonça. Os dois entenderam que a alteração das normas do Conama fez com que os atos de Reis deixassem de ser crime.
