A doença é invisível, mas os sinais de sua presença no organismo são, na grande maioria das vezes, bem perceptíveis, manifestando-se por meio dos seguintes sintomas:
Cólica menstrual
Infertilidade
Dor na relação sexual, descrita na profundidade da vagina (no fundo da vagina)
Alterações no intestino na época da menstruação, em casos de endometriose que envolve a região (apresentando sintomas como diarreia, intestino preso, sangramento anal)
Alterações na bexiga e vias urinárias na época da menstruação, em casos de endometriose que envolve o aparelho urinário (percebidas pelo aumento no volume das micções, dor ao urinar ou sangramento na urina, por exemplo)
Dor contínua, independente da menstruação, principalmente em casos de endometriose mais avançada, com grande quantidade de aderências nos órgãos pélvicos.